Los nuevos miembros del Congreso Nacional se posesionan. Entre los legisladores estaba Franklin Verduga Vélez como diputado provincial por Guayas por el Partido Social Cristiano (PSC). Franklin, es hermano de César Verduga Vélez, quien también había resultado electo diputado provincial por Pichincha por la Democracia Popular. (El Telégrafo, 2015)

El Presidente Constitucional Interino de la República, Fabián Alarcón, nombra a César Verduga Vélez como Ministro de Gobierno y Policía.

A través de un acuerdo ministerial suscrito por el subsecretario de Gobierno, se posesionó como Presidente Alterno de la Comisión de Tránsito del Guayas (CTG) a Carlos Morales Echeverría (cuñado de Franklin Verduga), sin esperar el nombramiento y posesión del Gobernador del Guayas (autoridad que debía nominarlo). Morales se posesionó ante el diputado Franklin Verduga. (Comisión Anticorrupción, 1998).

Además de Morales, otros miembros de la familia de Verduga pasan a ocupar cargos en la CTG:

1. Enrique Pine (concuñado), como Director Ejecutivo.

2. Franklin Verduga Rodríguez (hijo), como asesor de Morales.

3. Raúl Anchundia (sobrino), como Jefe de Almacén. (El Telégrafo, 2017)

Los supervisores de la caseta o garita número 3, Luis Santana, Stalin Rugel, Víctor Lam y Guillermo Araujo, ubicada en la Terminal Terrestre de Guayaquil, denunciaron que eran obligados a exigir dinero a los choferes de las cooperativas para entregarlo a las autoridades de la Comisión de Tránsito del Guayas (CTG). Según los denunciantes, el dinero era destinado a Líder Intriago, Enrique Pine (concuñado de Franklin Verduga) y Vicente Matamoros, quienes a su vez entregaban una parte del mismo a Franklin Verduga. (El Telégrafo, 2016)

Intriago denuncia que Verduga vendió un vehículo reportado como robado y dispuso que se lo mantenga en los patios de la CTG. Ese mismo día, la tropa de vigilantes de la CTG se sumó a las denuncias de corrupción con casos de sobrefacturación en compras. Acusaron al diputado Verduga de politizar a la entidad y exigieron su distanciamiento. (El Telégrafo, 2016)

Denuncian que Franklin Verduga encabeza una red de cobro de coimas en la garita 3 de la terminal terrestre de Guayaquil. (El Universo, 2004). Ante todos estos hechos, la Comisión de Fiscalización del entonces Congreso Nacional realizó un informe preliminar sobre el caso basado en entrevistas directas con los miembros de la CTG, un informe de Inteligencia Militar, un informe de la Comisión Anticorrupción, documentos suscritos por dirigentes del Movimiento Popular Democrático, documentación entregada y entrevistas realizadas por los periodistas Rolando Panchana y Fernando Barreno de Ecuavisa. (El Telégrafo, 2004)

Según el informe de esta Comisión, Verduga se aprovechó de sus funciones y del parentesco con su hermano para ejercer control sobre la CTG y beneficiarse del cobro de coimas a los transportistas y usuarios de la terminal. (El Universo, 2004)

La red operaba de la siguiente manera:

1. Carrusel: Los vigilantes rotaban de turno y chantajeando a todos los choferes de buses interprovinciales y cantonales, este pago se cobraba antes de que los transportistas salieran de la Terminal.

2. Reparto: Los recursos se repartían entre directivos, oficiales y varios integrantes de la tropa de la CTG. (El Universo, 2002) A su vez, parte del dinero receptado también iba a Franklin Verduga. (Comisión Anticorrupción, 1998)

A consecuencia del escándalo de corrupción, Verduga renunció a su curul en el Congreso Nacional. Su renuncia impidió su posible descalificación que se estudiaba en la Comisión de Fiscalización del Congreso por “abuso de poder político”. (El Universo, 2004)

Tras investigaciones, el presidente de la Corte Suprema de Justicia Héctor Romero Parducci dicta orden de prisión preventiva en contra de Verduga. Lo acusa del delito de peculado por recibir y cobrar valores indebidos (contribuciones, rentas y gratificaciones a los transportistas y usuarios de la Terminal Terrestre de Guayaquil, y del delito de concusión. Verduga se declara perseguido político, por haber liderado el proceso de destitución de Abdalá Bucaram.

La Corte Nacional de Justicia encontró a Franklin Verduga Vélez y Carlos Morales Echeverría autores del delito de concusión. Fueron sentenciados a cuatro años de prisión, una multa correspondiente a un salario mínimo (USD 105) y la restitución del cuádruplo que hubieran percibido, es decir, el dinero que recibieron de sus actos ilícitos en la Garita 3. En el caso de Carlos Alberto Ortiz Mora, José Vera Gamarra, Juan Párraga Vera, Carlos Castrellón Sánchez, Eloy Alfredo Sánchez Chávez y Lucía Petita Vaque Mora fueron señalados como coautores del delito de peculado y tendrían que cumplir una pena privativa de cuatro años. De acuerdo con la legislación vigente, si la sentencia no se dictaba ese día, la causa hubiera prescrito.  (Corte Suprema de Justicia, 2002)

La defensa de Franklin Verduga Vélez apeló la sentencia dictada por la Corte en su contra. (La Hora, 2002)

Un año después de la apelación, el Fiscal General subrogante, Guillermo Mosquera, solicitó a la Primera Sala de lo Penal de la Corte Suprema de Justicia mantener la sentencia. (El Telegrafo, 2015)

La Corte Suprema de Justicia absolvió a Franklin Verduga y a Vicente Matamoros Villacís por el delito de concusión por falta de pruebas y por no comprobarse su responsabilidad conforme a derecho. En el caso de José Gabriel Vera Gamarra, Carlos Castrellón Sánchez y Lucía Petita Vaque Mora fueron absueltos de su condena al no existir la comprobación conforme a derecho de la existencia material por el delito de peculado. (Corte Suprema de Justicia, 2004).

En rueda de prensa, Franklin Verduga aseguró que mantiene el respaldo del Partido Social Cristiano, del que no se ha desafiliado. (El Universo, 2004).

Franklin Verduga Vélez regresa a la política activa como candidato a asambleísta provincial por Guayas, por el Partido Social Cristiano. No gana la elección.

Franklin Verduga es elegido y posesionado como concejal alterno de Guayaquil, de la concejala principal Luzmila Nicolalde, por el Partido Social Cristiano para el  período 2014 - 2018. (El Telégrafo, 2014).