En el segundo y tercer periodo de Alarcón como presidente del Congreso Nacional, se suscribieron 2.089 contratos de personal por un costo de 39 mil millones de sucres (aproximadamente USD 12.2 millones a la cotización de la época) sin que nadie pudiese evidenciar si los contratados tenían la obligación de cumplir un horario, acercarse a las oficinas del Congreso, o entregar informes de su trabajo. Los periodistas y la opinión pública los denominaron “pipones”, y aunque también habían existido en las administraciones anteriores del Legislativo, se decía que nunca en tal cantidad.

Se denunció que varios de los involucrados tenían algún tipo de vínculo con dirigentes del FRA y de los partidos políticos aliados. Se encontró, por ejemplo, que al menos 42 eran parientes de algún diputado, y que 33 eran militantes del FRA. Además muchos no residían en Quito.

Después de diferentes escándalos y fuertes protestas públicas, el Congreso Nacional declaró incapaz mental y destituyó a Abdalá Bucaram de la Presidencia de la República. Eligió de inmediato como presidente interino al entonces Presidente del Congreso Nacional, Fabián Alarcón.

En un contexto de fuertes manifestaciones sociales en contra de la corrupción, avivadas por los escándalos del gobierno de Bucaram, y a petición y presión de organismos sociales, Alarcón, mediante Decreto Ejecutivo No. 107-A, crea la Comisión Anticorrupción.

Tras denuncias previas realizadas ante los medios de comunicación, la diputada Cecilia Calderón de Castro, ex militante y dirigente del FRA, denunció penalmente a Fabián Alarcón, por la supuesta contratación de más de 1.100 personas, cuando él era presidente del Congreso Nacional. Según Calderón, estas personas no cumplían labor alguna en el Congreso sino que realizaban actividades de proselitismo político en favor de los diputados que les habían ayudado a conseguir los cargos. (El Tiempo, 1997)

Calderón afirmó además que existían casos de nepotismo en las contrataciones, y cobro de salarios de asesores por parte de “comerciantes, choferes, guardaespaldas, futbolistas y pintores de murales muchos de los cuales ni siquiera tienen instrucción primaria” (El Tiempo,1997)

Por su parte, Alarcón aseguró que todas estas acusaciones eran guiadas por motivos políticos y por la obsesión que tenía la ex legisladora y ex compañera de su partido hacia él. Esto debido a que ella se enemistó con Alarcón cuando éste manifestó públicamente su simpatía por Abdalá Bucaram, antes de que éste fuera elegido presidente de la República. (El Tiempo, 1997)

La defensa de Alarcón además se centró en tres puntos principales: 1. Ninguna ley prohibía los nombramientos; 2. Él no era el responsable de vigilar que el personal del Congreso trabaje; y 3. Ninguno de los contratados era pariente suyo.

Carlos Solórzano, presidente de la Corte Suprema de Justicia, dictó el auto cabeza de proceso e inició el enjuiciamiento penal en contra de Fabián Alarcón por la supuesta contratación ilegal de funcionarios del Congreso Nacional cuando el Mandatario era Presidente del Congreso Nacional. (El Tiempo, 1999)

El presidente interino Alarcón concurre a la Corte Suprema de Justicia para rendir testimonio dentro del proceso que se seguía en su contra.

La Comisión Anticorrupción creada por Alarcón, confirma las denuncias en su contra. En su informe concluye que:

1. El número de contratos y montos pagados, excedieron a los autorizados por la Comisión de Mesa del Congreso Nacional en 2.089, por un valor total de 32.289’438.949 de sucres. Esta última cifra, en ese entonces equivalía a aproximadamente 12.2 millones de dólares.

2. Las disposiciones legales permitieron el exceso y abuso de contrataciones de funcionarios, lo que fue en contra de la ética, la moral y la honradez.

3. Se crearon unidades administrativas para la contratación de funcionarios innecesarios.

4. No hay constancia sobre la contratación idónea del personal que cumpla requisitos como la formación y experiencia profesional necesaria.  

El entonces presidente, Fabián Alarcón, cuestionó la legalidad de la Comisión. Ante tal situación, los integrantes fundamentaron su rol en el artículo 2 literal a) del Decreto Ejecutivo 506 expedido por el mismo Presidente de la República, el cual establece: “Recibir, conocer e investigar, de oficio o a petición de parte, las denuncias de corrupción que se presenten o que llegaren a su conocimiento por cualquier vía.”  (Comisión Anticorrupción, 1998)

Héctor Romero Parducci, presidente de la Corte Nacional de Justicia, emite orden de prisión preventiva contra el expresidente Fabián Alarcón. (El País, 1999) La detención se produce en un ambiente de convulsión social tras el anuncio del denominado Feriado Bancario y el congelamiento de depósito por parte del presidente Jamil Mahuad. La opinión pública llegó a afirmar que la detención de Alarcón era una cortina de humo para tratar de aplacar las huelgas y movilizaciones que se producían en el país. Al respecto Alarcón señaló: “Se quiere buscar un chivo expiatorio en estos momentos difíciles. Es una retaliación política. Me defenderé jurídica y políticamente desde la prisión, mi trinchera de lucha". (El País, 1999) Alarcón fue detenido en su casa y trasladado a la Cárcel No. 4 de Quito.

Se levanta la prisión preventiva de Alarcón y abandona la cárcel. Continúa, sin embargo, el proceso penal en su contra.

La primera Sala de lo Penal de la Corte Suprema de Justicia dictó sentencia con sobreseimiento definitivo a favor de Fabián Alarcón, poniendo fin al proceso penal en su contra. (La Hora, 2000)